A Secretaria de Controle Interno tem como objetivo:

Assegurar que a Administração atue em consonância com os princípios que lhe são impostos pelo ordenamento jurídico, com os da legalidade, moralidade, finalidade pública, publicidade, motivação, impessoalidade; em determinadas circunstâncias, abrange também o controle chamado de mérito e que diz respeito aos aspectos discricionários da administração pública.